气相色谱-质谱联用仪GC-MS主要由三部分组成：色谱部分、质谱部分和数据处理系统.色谱部分和一般的色谱仪基本相同,包括有柱箱、汽化室和载气系统,也带有分流/不分流进样系统,程序升温系统、压力、流量自动控制系统等,利用质谱仪作为色谱的检测器.
    色谱仪是在常压下工作,而质谱仪需要高真空,因此,色谱仪使用填充柱时,必须经过分子分离器这种接口装置,将色谱载气去除,zui后使样品气进入质谱仪.若色谱仪使用的是毛细管柱,由于毛细管载气流量比填充柱小得多,不会破坏质谱仪真空,则可以将毛细管直接插入质谱仪离子源.　　
　　GC-MS的质谱仪部分可以是磁式质谱仪、四极质谱仪,也可以是飞行时间质谱仪和离子阱.目前使用zui多的是四极质谱仪.离子源主要是EI源和CI源.
　　GC-MS的另外一个组成部分是计算机系统.随着计算机技术的提高,GC-MS的主要操作全部由计算机控制进行.这些操作包括利用标准样品（一般用FC-43）校准质谱仪,设置色谱和质谱的工作条件,数据的收集和处理以及库检索等.一个混合物样品进入色谱仪后,在合适的色谱条件下,被分离成单一组成并逐一进入质谱仪,经离子源电离得到具有样品信息的离子,再经分析器、检测器即得每个化合物的质谱.这些信息都由计算机储存,根据需要,可以得到混合物的色谱图、单一组分的质谱图和质谱的检索结果等.根据色谱图还可以进行定量分析.因此,GC-MS是有机物定性、定量分析的有力工具.
    作为GC-MS联用仪还可以有直接进样杆和FAB源等作为附件.但是FAB源只能用于磁式双聚焦质谱仪.直接进样杆主要是分析高沸点的纯样品,不经过GC进样,而是直接送到离子源,加热汽化后,由EI电离.另外,GC-MS的数据系统可以有几套数据库,主要有NIST库,Willey库,农药库等.
    气相色谱-质谱联用仪有灵敏性强、准确性高、自动化等特点,广泛应用于食品、药品、环境监测等领域,与我们的日常生活和科学研究活动密不可分.

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